A eletroforese é uma das ferramentas mais utilizadas em biologia molecular. É usado para separar o ácido nucléico. Eletroporação é o processo pelo qual o ácido nucleico é separado com base no tamanho. Na eletroforese, um gel é usado. Os poços são feitos no gel no qual as amostras de ácido nucléico são carregadas. A corrente elétrica é passada e com base no tamanho que o ácido nucléico se move no gel. Ajuda a quantificar, separar e purificar o ácido nucléico.
Agarose vs Poliacrilamida
A diferença entre agarose e poliacrilamida é que a agarose é usada para separar grandes fragmentos de DNA, mas o gel de poliacrilamida é usado para separar fragmentos de proteína e ácido nucleico mais curtos. A agarose é derramada horizontalmente, enquanto a poliacrilamida é derramada verticalmente. A agarose pode ser aquecida e derramada horizontalmente, mas quebra facilmente, por isso deve ser manuseada com cuidado.
O gel de agarose é mais comumente usado para executar a eletroforese. Uma vez que ajuda a separar o ácido nucléico com base no tamanho, ele é usado para identificar a amostra de DNA ou RNA desconhecida. Aqui, uma escada de tamanho conhecido é usada e a banda de núcleo desconhecido é comparada com a escada e o tamanho é identificado.
A eletroforese em gel de poliacrilamida é chamada de PAGE. É comumente usado para separar proteínas com base em seu tamanho. Esta eletroforese funciona com base no princípio de que a proteína carregada ou amostra de ácido nucléico migra através do gel quando um campo elétrico é fornecido. Já a mobilidade de uma molécula biológica muda dependendo do tamanho e da carga. A amostra utilizada deve ser tratada para atingir uma carga uniforme de forma que a mobilidade dependa basicamente do tamanho.
Tabela de comparação entre agarose e poliacrilamida
| Parâmetros de comparação | Agarose | Poliacrilamida |
| Toxicidade | Não tóxico | Ligeiramente tóxico |
| Tamanho de poro | Poros maiores | Poros menores |
| Usos | O gel de agarose é usado principalmente para separar DNA e RNA | O gel de poliacrilamida é usado para separar proteínas e quantificá-las |
| Posição de vazamento do gel | Posição horizontal | Posição vertical |
| Corante | Brometo de etídio | Azul de bromofenol |
| Reutilizando | A agarose pode ser derretida e reutilizada | Normalmente não é reutilizado |
O que é agarose?
A agarose é uma biomolécula usada para criar um gel que é uma matriz tridimensional com poros e canais. A matriz tridimensional é mantida unida por ligações de hidrogênio. Uma vez que existem ligações de hidrogênio, a estrutura da matriz pode ser desnaturada facilmente por aquecimento. As biomoléculas da amostra se movem através dos poros.
A temperatura de fusão do ágar é 85-95 graus Celsius e a temperatura de gelificação é 35-42 graus Celsius. O gel de agarose é feito misturando agarose com água e derretendo-a. Em seguida, é derramado horizontalmente em um molde no qual um pente é colocado. A agarose então esfria e forma um gel. O pente sai de um poço no qual a amostra pode ser carregada.
O gel de agarose de baixa concentração pode quebrar. Portanto, deve ser manuseado com cuidado. A agarose pode ser usada para separar DNA e RNA. Os poros do gel de agarose são muito maiores para a entrada de um bacteriófago. A agarose é um polímero com grupos piruvato e sulfato. Como esses grupos são carregados negativamente, isso causa o fluxo de água na direção oposta à do movimento do DNA.
O corante brometo de etídio é usado para tingir o DNA, o que altera o tamanho e a carga da amostra. Uma solução tampão é colocada na configuração e a corrente é passada, o que faz com que a amostra se mova através do gel de agarose e forme bandas.
O que é poliacrilamida?
A poliacrilamida é um polímero sintético linear composto de acrilamida e ácido acrílico. A poliacrilamida absorve água ativamente e forma um gel macio. É um dos géis usados em eletroforese. Proteína e ácido nucléico podem ser quantificados em gel de poliacrilamida com base em sua mobilidade eletroforética.
O gel de poliacrilamida feito por hidratação da acrilamida é bom, pois o tamanho dos poros pode ser regulado dependendo da hidratação. Gel com um tamanho de poro pequeno é eficaz no exame de moléculas de tamanho menor. Moléculas maiores não podem se mover através dos poros pequenos e ficam presas enquanto moléculas menores se movem facilmente através dos poros e formam bandas.
O gel de poliacrilamida é usado principalmente no experimento SDS PAGE. O SDS PAGE se expande como eletroforese em gel de dodecilsulfato de sódio-poliacrilamida. É usado para separar amostras de proteínas com base em seu tamanho. O dodecilsulfato de sódio é um detergente e se liga à molécula de proteína. Ao se ligar à proteína, esse detergente destrói a estrutura secundária e terciária da proteína e a transforma em uma cadeia polipeptídica linear. Este polipeptídeo linear é carregado negativamente e viaja em direção ao ânodo quando sujeito a um campo elétrico. Aqui, a distância percorrida pela molécula é inversamente proporcional ao log do peso molecular. Também é usado para examinar amostras de ácido nucléico com baixo peso molecular.
Principais diferenças entre agarose e poliacrilamida
Conclusão
Agarose e poliacrilamida são dois polímeros diferentes. Eles são quimicamente diferentes. Embora ambos sejam usados para eletroforese, eles são usados para duas finalidades diferentes. A agarose tem poros maiores e é usada para separar moléculas de ácido nucléico maiores, como DNA e RNA. Já a poliacrilamida tem poros menores e é usada para separar e quantificar proteínas de menor peso molecular.
Ambos os compostos têm finalidades diferentes e são muito úteis em biologia molecular. Além da biologia molecular, eles também são usados em muitos outros campos. Como esses géis ajudam a quantificar o ácido nucléico e a proteína, eles têm aplicações na medicina e na ciência forense.
